首先，声明一点，CT确实辐射很大，但说对人体伤害非常大这点却不敢苟同！对于正常CT的辐射量来说，正常人每年做2次CT的话基本上是没问题的，更何况目前还有低剂量CT的存在，成像一样清楚，辐射更小！再说，如果是为了诊断治疗疾病的目前，三分辐射，七分疗效，我们都知道怎么选择！
1、当然大家最考虑的就是钱了！同一检查下（平扫或者增强）磁共振检查是要比CT检查贵的，如果对于一个疾病，在其他条件都满足的情况下，如果患者家庭困难，那优先选择CT可能是比较合适的选择；
2、对于骨科来讲，我们经常在门诊跟病人讲：CT看骨头比较明确，而磁共振看软组织、肉里面的病变更清楚些。话虽然土，但很容易理解。对于肌肉、肌腱、半月板、椎间盘、神经的病变，磁共振的作用是比较大的，相反，如果一个骨折碎成很多块，为了术前看看骨折的程度，那做个CT可能是最佳选择。
3、磁共振检查时间较长，并且检查过程中需要在检查仓里一动不动，对于一些危重的患者或者无法配合的小孩，可能很难做到！对于小孩子，有时候不得不做磁共振的时候，甚至必须给小孩药物让他睡觉才行；
4、磁共振检查仓里面声音巨大，类似于机关枪的声音，对于有些具有心脏疾病的老人家，估计会紧张得吓个半死，还要在里面一动不动，有时候真的很痛苦！
5、对于某些特定的技术，如心血管造影、CT引导下穿刺活检等，必须要在CT下操作，如果使用磁共振一个是因为看不清，一个是因为下面第六条原因；
6、磁共振、磁共振，顾名思义，是通过磁场成像的原理（因为太复杂，在这里就不多赘述，你只要知道里面磁场很强就行了），对于很多做完心脏支架，体内上过钢板螺钉，甚至有些做过关节置换的病人，都是做磁共振的禁忌，第五条说的穿刺针、造影导管这些都含有金属，肯定不能在磁场下操作，非常危险！
7、某些解剖部位（如肠道、肺部）活动性较大，含气量多的，也不适合使用磁共振检查，第三条说了，要一动不动，肺跟肠子都是一直在动的，你有本事让他一直不动半个小时？除非......
核磁共振和CT有什么区别？
对于X线、CT、B超、核磁共振(MRI)这些常用的影像学检查，根本就傻傻分不清楚......今天，我们就把身体比作食物，通俗易懂的告诉你，这些检查是如何发挥不同作用的！
X光像把面包压扁了看
X光会穿过人体，遇到被遮挡的部位，底片上不会曝光，洗片后这个部位就是白色的。
就像一片面包或一块棉花，看不到里面的纤维纹理，但用手压瘪了会清晰一些。X光最大缺点是受制于深浅组织的影像相互重叠和隐藏，有时需要多次多角度拍摄X光片。
CT像把面包切开看CT的检查原理是X光会分层穿过人体，之后通过电脑计算后二次成像。
就像把一片面包切成片来看。优点是可以分层看，经计算后可以显示出更多的组织信息。B超的原理是用超声波穿透人体，当声波遇到人体组织时会产生反射波，通过计算反射波成像。就像挑西瓜一样，边敲边看显示病灶情况。
核磁共振机使用较强大的磁场，使人体中所有水分子磁场的磁力线方向一致，这时磁共振机的磁场突然消失，身体中水分子的磁力线方向，突然恢复到原来随意排列的状态。反复多次施加磁场又突然消失，核磁共振机会得到充分的数据并运算后成像。简单说就相当于用手摇一摇，让水分子振动起来，再平静下来，感受一下里面的振动。所以，核磁共振(MRI)也被戏说为是摇摇看的检查。就诊时，医生常会开各种各样的影像学检查单：超声、CT、核磁……不少患者会质疑医生故意开高价检查单。其实，医生是依据不同病情选不同影像检查的。
各种外伤，如果怀疑伤到了骨头，优先选择X光照片，检查结果快速易得。若要进一步观察，可以选择CT。超声、核磁对于骨皮髓质等看不大清，一般不选择。
颈椎病、腰椎间盘突出等椎间盘疾病需要观察椎间盘与相应的神经根，要想更好观察这些软组织，最优选择就是核磁。同样，对于关节、肌肉、脂肪组织检查，核磁也是首选。
CT和MRI的区别？各自的优缺点
CT与核磁共振（MRI）是两种截然不同的检查方法。MRI是Magnetic Resnane Iamge的简称，中文为磁共振成像。MRI是把人体放置在一个强大的磁场中，通过射频脉冲激发人体内氢质子，发生核磁共振，然后接受质子发出的核磁共振信号，经过梯度场三个方向的定位，再经过计算机的运算，构成各方位的图像。CT由于X线球管和探测器是环绕人体某一部位旋转，所以只能做人体横断面的扫描成像，而MRI可做横断、矢状、冠状和任意切面的成像。
核磁共振(MRl)与CT都属于技术含量非常高的影像学检查手段，两者相比，核磁共振主要具有以下优点。
核磁共振能敏感地检查出组织成分中水含量的变化，能显示功能和新陈代谢过程等生理生化信息的变化，它使机体组织从单纯的解剖显像发展为解剖学与组织生化和物理学特性变化相结合的“化学性图像”，为一些早期病变提供了诊断依据，常常比CT能更有效和更早地发现病变。它能非常清晰地显示脑和脊髓的灰质和白质，故在神经系统疾病的诊断方面优于CT，对颅脑、脊柱和脊髓疾病的显示优于CT，这是CT所无法比拟的；
核磁共振可根据需要直接显示人体任意角度的切面像，可以直接作出横断面、矢状面、冠状面和各种斜面的体层图像；而CT只能显示与身体长轴相垂直的横断层像；
核磁共振有高于CT数倍的软组织分辨能力，图像中对于软组织的对比度可以提高1—3个等级度，大功率的核磁共振机器拍摄的照片非常清晰，甚至可以看到组织内的细小血管；
核磁共振在仪器结构上不需要像CT那样有较大的机械口转动部件和一系列高精度的探测器，只要通过电子方法调节磁场梯度即可实现扫描；
核磁共振不会像CT那样产生对人体有损伤的电离辐射，对机体没有不良影响，甚至孕妇接受核磁共振检查时对胎儿也无任何不良影响；
核磁共振有3个特性参数，而CT只有X射线束穿过生物组织的衰减一个物理参数，故核磁共振漏诊率比CT低；
核磁共振不用造影剂就可得到很好的软组织对比度，能显示血管的结构，故对血管、肿块、淋巴结和血管结构之间的相互鉴别有其独到之处，而且还避免了造影剂可能引起的过敏反应；
核磁共振不会产生CT检测中的骨性伪影，能使脊柱中的脊髓及神经根显像清晰，还有可能检查出由于缺血引起的组织损伤等等。
核磁共振几乎适用于全身各系统的不同疾病，如肿瘤、炎症、创伤、退行性病变以及各种先天性疾病的检查，在脊柱外科更有其广泛的适应证，应用范围大大超过CT检查，诊断价值明显优于CT。